cwltool

Reference implementation of the CWL standards.

Subpackages

• cwltool.cwlprov
  • cwltool.cwlprov.provenance_constants
  • cwltool.cwlprov.provenance_profile
  • cwltool.cwlprov.ro
  • cwltool.cwlprov.writablebagfile

Submodules

• cwltool.__main__
• cwltool.argparser
• cwltool.builder
• cwltool.checker
• cwltool.command_line_tool
• cwltool.context
• cwltool.cuda
• cwltool.cwlrdf
• cwltool.cwlviewer
• cwltool.docker
• cwltool.docker_id
• cwltool.env_to_stdout
• cwltool.errors
• cwltool.executors
• cwltool.factory
• cwltool.flatten
• cwltool.job
• cwltool.load_tool
• cwltool.loghandler
• cwltool.main
• cwltool.mpi
• cwltool.mutation
• cwltool.pack
• cwltool.pathmapper
• cwltool.process
• cwltool.procgenerator
• cwltool.resolver
• cwltool.run_job
• cwltool.secrets
• cwltool.singularity
• cwltool.singularity_utils
• cwltool.software_requirements
• cwltool.stdfsaccess
• cwltool.subgraph
• cwltool.task_queue
• cwltool.udocker
• cwltool.update
• cwltool.utils
• cwltool.validate_js
• cwltool.workflow
• cwltool.workflow_job

Package Contents

cwltool.__author__ = 'pamstutz@veritasgenetics.com'

cwltool.CWL_CONTENT_TYPES = ['text/plain', 'application/json', 'text/vnd.yaml', 'text/yaml', 'text/x-yaml',...